平衡点

_ configure --with-netcdf-include が効いていない

なんと. spml の configure では--with-netcdf-include が有効になってなかった.

...これは困るな. ちょっと弄ろう

(追記)

done. cvs commit した.

_ 某所の ssl-verify-error

某所の Mail サーバ に spam フィルタ(bsfilter)を仕込んで撃墜した後に gmail へ転送していて, 偶に誤爆を check しています.

久々に誤爆の check の為に Mew の pop over ssl で接続したところ

Creating an SSL/TLS connection...FAILED (cert verify failure)

...おやー? 試しに openssl で接続してみた.

SSL-Session:
    Protocol  : TLSv1
    Cipher    : AES256-SHA
    Session-ID: ----
    Session-ID-ctx:
    Master-Key: ----
    Key-Arg   : None
    Start Time: 1246544403
    Timeout   : 300 (sec)
    Verify return code: 21 (unable to verify the first certificate)

確かに verify failuer です.mew には ssl-verify-level が設定できるので

(setq mew-ssl-verify-level 0)

としてみたら接続はできた.(( ちなみに, Mew が起動した mewstunnel は Mew を終了(Q) しても生きつづけるんだ. こういうモンかなぁ...))

lenny の機械で試しに接続したら

SSL-Session:
    Protocol  : TLSv1
    Cipher    : AES256-SHA
    Session-ID:  ----
    Session-ID-ctx:
    Master-Key:  ----
    Key-Arg   : None
    Start Time: 1246544879
    Timeout   : 300 (sec)
    Verify return code: 0 (ok)

あら, 接続できましたよ.

/usr/share/ca-certificates 以下を比較してみたらEquifax_Secure_Global_eBusiness_CA.crt が無い.

調べてみたら ca-certificates の Bug 報告にありました

• CA certificate Equifax Secure Global eBusiness CA-1 is missing

というわけで upgrade して dpkg-reconfigure ca-cetificates したら元に戻る.

...ca-cetificates の debconf. 「All」って選択肢欲しいなぁ, とかちょっと思った.

_ 某所のパッケージを ITP する話, その 2

メモ書き

肝となる DCL -- 地球流体電脳ライブラリについて, 神代さんからメールを頂いた(感謝).

結局のところ, 認識は間違っていない(GPL 準拠)が, 明記していないのでちょっと困っている, で正しいのか.

• GPL 準拠, と書いているのはココ.

• 単に GPL, にすると困っちゃうかもしれない, というのはボスの以下のメール, かな.

  ただし安直にやると企業(あるいは正確には卒業生等)が困ることになる. なのでできるだけ緩くしたいのだが, ちょうど良いのがない...

• ちなみに「GPL 準拠」だけでは多分不十分で, GPL の ver. どれに準拠なのかを明記する必要があるのでは無いだろうか.
• はてさて.

神代さん, ご連絡, 重ね重ねありがとうございました.

ちなみにパッケージングの現状もメモ

• ソース名
  • dcl-f77, dcl-c
• パッケージ
  • dcl-f77, dcl-c: metapackage
  • libf77dcl5, libcdcl5: shared library and database
  • libf77dcl-dev, libcdcl-dev: static library, header files, scripts and command
  • dcl-f77-docs, dcl-c-docs: sample scripts, demo programs
  • dcl-f77-utils, dcl-c-utils: post-processing awk scripts
• 同じモノなので統一しても良いかなぁ, とか思っている.

そして lintian の warning は

• binary-without-manpage
• csh-considered-harmful

の二つ.

binary-without-manpages は英語版ドキュメントあれば「ソコを見ろ」程度のページを書こうと思ったけれど,気力が...(笑).

csh-considered-harmful はまあ, 中身見ると別に sh で良いから, 適当に書いてしまおうか.

はてさて.

(追記)

csh-considerd-harmful 用にでっち上げる.dclfrt はこんなモンで良いでしょ.

#!/bin/sh
#
#	Copyright (C) 2000-2009 GFD Dennou Club. All rights reserved.
#
set -e

DCL_LDFLAGS=`dclconfig --ldflags`
DCL_LDLIBS=`dclconfig --ldlibs`
DCL_FC=`dclconfig --fc`
DCL_FFLAGS=`dclconfig --fflags`

NEW_ARGV="$DCL_FC $DCL_FFLAGS "$@" $DCL_LDFLAGS $DCL_LDLIBS"

echo $NEW_ARGV
$NEW_ARGV

あと dclcc はこんな塩梅で.

#!/bin/sh
#
#	Copyright (C) 2000-2009 GFD Dennou Club. All rights reserved.
#

set -e

DCL_LDFLAGS=`dclconfig --ldflags`
DCL_LDLIBS=`dclconfig --ldlibs`
DCL_CC=`dclconfig --cc`
DCL_CFLAGS=`dclconfig --cflags`

NEW_ARGV="$DCL_CC $DCL_CFLAGS "$@" $DCL_LDFLAGS $DCL_LDLIBS"

echo $NEW_ARGV
$NEW_ARGV

あと grph2/g2pack/g2pk{01,02} が segmentation fault だってのは多分解決しているハズ.

(追記) copyright 修正しました.

_ HDF5EOS の debian パッケージ作成中

install script があんまりなのでクラクラする.

_ MPICH2 と OpenMPI

そういえば, どっち使うのが良いんだろう.

_ gtool5 の OpenMP 非対応?

一晩寝かせてから投げることにして. とりあえずメモ

環境

OS:

Debian GNU/Linux sqeeze/sid

Compiler:

• gfortran 4.3.3 with or without MPI (OpenMPI 1.3.2)
• Fujitsu Fortran 64bit ver.1 with or without MPI (OpenMPI 1.3.2)

NetCDF:

netcdf 3.6.2

gtool5

gtool5-20090704

現状

Fujitsu でも gfortran でも OpenMP を有効にするとテストで転ぶ.

症例 1

Compiler:

Fujitsu Fortran, without MPI.

OpenMP を有効(-KOMP)にすると以下のテストで転ぶ

$ make test-installed
  ...
make[3]: `histtest' は更新済みです
make[3]: ディレクトリ `/home/uwabami/work/GFD/gtool5-20090704/test' から出ます
*** PutLine test ** #<GT_HISTORY:: @initialized=no>
*** MESSAGE [HistoryCreate3] ***  "xhisttest/xhisttest1.nc" is created (origin=0. [s])
*** MESSAGE [HistoryCreate3] ***  "xhisttest/xhisttest9.nc" is created (origin=0. [s])
*** ERROR (Code -117) [GTVarGetPointerReal1] ***   invalid allocated size
histtest.sh: line 45: 10560 アボートしました./histtest 2> xdifs.log
Error: stderr is output to xdifs.log .
make[2]: *** [test] エラー 1

• OpenMP を有効にしない場合には, テストは通る(このエラーは出ない).
• gfortran では OpenMP を有効にした場合(-fopenmp)でも, テストは通る.
  • MPI を有効にしても同様

症例 2

Compiler:

• gfortran with MPI
• Fujitsu Fortran with MPI

OpenMP を有効(-fopenmp, -KOMP) にした場合に, test-mpi-installed で以下のエラー.

$ make test-mpi-installed
...
make[3]: `histtest_mpi' は更新済みです
make[3]: ディレクトリ `/home/uwabami/work/GFD/gtool5-20090704/test' から出ます
 *** MESSAGE [HistoryCreate3] ***  "xhisttest_mpi/xhisttest_mpi1_rank000001.nc" is created (origin=0. [sec.])
 *** MESSAGE [HistoryCreate3] ***  "xhisttest_mpi/xhisttest_mpi1_rank000003.nc" is created (origin=0. [sec.])
 *** MESSAGE [HistoryCreate3] ***  "xhisttest_mpi/xhisttest_mpi1_rank000000.nc" is created (origin=0. [sec.])
 ...
 *** MESSAGE [HistoryClose] ***  "xhisttest_mpi/xhisttest_mpi10.nc" is closed
 making CDL files from original data files ................  done.
 making CDL files from generated data files ................  done.
 testing xhisttest_mpi1_rank000000.nc ...9a10,11
 >               lon:topology = "circular"
 >               lon:modulo = 360.f
   Error: stderr is output to xdifs.log .

• gfortran, Fujitsu Fortran ともOpenMP を有効にしない場合にはテストは通る(エラーは出ない)

まとめ

というわけで, OpenMP + MPI のハイブリッド並列を実行しようとしても, 動作しない(かもしれない)のが現状.

I/O ライブラリが OpenMP に対応していないからと言って,本チャンのモデルが走らない, って事は無いとは思うんですがね.

要望

以下, 非常にどうでも良い(?)こと

• テスト実行後にテスト用の original な NetCDF が更新されるのはちょっと嫌. original な奴は更新しない or 更新されるモンはテスト時に自動生成して, 配布物には同梱しない方が良いと思ったりする.

• mpiexec の指定(--with-mpiexec) が効かない事があるのですが, 何故?

  • まあ configure の自動判定がちょっとアレなんだろうから,適当に書けば良いのですけれど.

  ... configure: error: "/usr/local/stow/openmpi-ffc/bin/mpif90" compiler does not support MPI. Specify MPI fortran compiler to "$FC"

• mpiexec 指定時に prefix にまで -mpi を付けるのはやりすぎだと思います.
  • prefix の意味無いじゃん. 住みわけの為にそうしているのかな?
  • にしても, なんか嫌.

(追記)

そういや OpenMP 有効にした際にはスレッド数指定していなかった. 関係無いと思うけれど.

(追記2)

OpenMPI と OpenMP が混乱しそうだったので修正.

(追記3)

OpenMP 有効にした時に test に転ぶのって, gt4f90io の頃からだった.エラーも同じ. むーん.

(追記4)

20090704 の更新で MPI 有効時に test に転ぶエラーは無くなりました.対応早い. さすが.

_ ITP ふたつ

RubyNetCDFを ITP するために.

既にNarrayMissは ITP しているので, libdapとlibnc-dapを ITP してみた.

• Debian BUG#537110 -- ITP: libdap
• Debian BUG#537111 -- ITP: libnc-dap

ものが NetCDF 関連だから debian-science あたりに聞いてみた方が良いのかな.

_ gtool5 の OpenMP 非対応?

パッケージ作成も佳境に入ってきましたが...

Fortran diagnostic messages: program name(HistoryGetDouble1)
  jwd2408i-i  "historyget.F90", line 585: Overflow or underflow occurred 
  during calculation of iteration count, or iteration count 0 or negative.
Fortran diagnostic messages: program name(HistoryGetReal1)
  jwd2408i-i  "historyget.F90", line 2811: Overflow or underflow occurred 
  during calculation of iteration count, or iteration count 0 or negative.
Fortran diagnostic messages: program name(HistoryGetInt1)
  jwd2408i-i  "historyget.F90", line 4983: Overflow or underflow occurred 
  during calculation of iteration count, or iteration count 0 or negative.

...さて?

_ 明日 10:00 の飛行機で札幌行きます.

目的は惑星科学フロンティアセミナー なのですが, 前日入りします(( いつのまにか, 惑星科学会の SSL, ヲレヲレ証明書になってるな )).

土曜の夜暇な人は連絡を来れたら良いと思うよ.